麝香鼠的性別比較難以識別，性征不明顯，以下幾種方式識別個公母，具重要意義:

1.體重上來識別:成年鼠個體一般是公鼠大于母鼠。

2.從會陰部被毛的分布來識別:公鼠的肛門至尿生殖孔間的被毛致密，全覆蓋著皮膚，腹股溝兩側生有棕褐色的針毛，并形成一條縱線，而母鼠這一區域的被毛則稀疏且向兩側分開，無棕褐色針毛，此間由于少毛，可明顯的看見皮膚，尤其靠近尿道隆起的后方，有一小塊無毛區，皮膚裸露。

3.從肛門至尿生殖孔之間的距離來識別:這一間距不論成鼠還是幼鼠都是公鼠大于母鼠1/3左右，一般成年公鼠為1.8-2.5厘米，而母鼠為1.3-1.8厘米;體重在600克以內的幼鼠公鼠為1.58-1.77厘米，母鼠為1.06-1.37厘米。

4.排尿方向識別:麝香鼠受到驚嚇時一般都會排尿，人抓拿的時候也不例外，公鼠多向頭部方向排尿，而母鼠則向后臀部方向排尿;公鼠排尿后在尿生殖孔處淤留有乳白色有濃味的分泌物，而母鼠有水樣黃褐色尿液在尿道口上。

5.翻尿生殖孔識別:用拇指和食指按壓麝香鼠的尿生殖孔的兩側，使其外翻，若露出紫紅色略帶黑色的圓形龜頭，則為公鼠，否則為母。

6.活動和性情上識別:公鼠的性情好動，粗暴，咬人，一般遇到響動，公鼠會先從窩里跑出來。繁殖產仔期間，出來搬食物的一般是公鼠。